Package: ExpImage 0.10.1

Alcinei Mistico Azevedo

ExpImage: Analysis of Images in Experiments

Tools created for image analysis in researches. There are functions associated with image editing, segmentation, and obtaining biometric measurements (Este pacote foi idealizado para para a analise de imagens em pesquisas. Ha funcoes associadas a edicao de imagens, segmentacao, e obtencao de medidas biometricas) <https://www.expstat.com/pacotes-do-r/expimage>.

Authors:Alcinei Mistico Azevedo [aut, cre]

ExpImage_0.10.1.tar.gz
ExpImage_0.10.1.tar.gz(r-4.5-noble)ExpImage_0.10.1.tar.gz(r-4.4-noble)
ExpImage_0.10.1.tgz(r-4.4-emscripten)ExpImage_0.10.1.tgz(r-4.3-emscripten)
ExpImage.pdf |ExpImage.html✨
ExpImage/json (API)
NEWS

# Install 'ExpImage' in R:
install.packages('ExpImage', repos = c('https://cran.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Peer review:

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4.05 score 63 scripts 299 downloads 63 exports 76 dependencies

Last updated 8 months agofrom:03bf922fc9. Checks:OK: 2. Indexed: yes.

TargetResultDate
Doc / VignettesOKDec 06 2024
R-4.5-linuxOKDec 06 2024

Exports:as_imagecalibration_paletteclassify_imageclustering_Kmeanscolor_palletecompare_imagecontour_imageconvert_colorcreate_pngcrop_imagedilate_imageedit_imageedit_imageGUIerode_imageexample_imageexclude_objectextract_pixelsgetwd_scriptgray_scalehistogram_imageindex_bandsinfo_imagejoin_bandsjoin_imagelinearize_imagemask_pixelsmask_rastermeasure_imagenormalize_imageNormatizapick_circlepick_colorpick_countpick_lengthpick_palettepick_resolutionpick_segmentationplot_imageplot_indexesplot_meansurespredict_logitpredict_RFraster2imageread_imageresize_imagerotate_imagesegmentationsegmentation_logitsegmentation_logitGUIsegmentation_RFsegmentation_stepssetwd_scriptshape_file.BorderExtractshape_file.createshape_file.plotshape_file.splitskeletonize_imagesplit_imagesquare_imagesummary_colorthinning_imagetif_infowrite_image

Dependencies:apclusterbase64encbslibcachemclicodetoolscolorspacecommonmarkcrayondigestdoParalleldplyrfansifarverfastmapfontawesomeforeachfsgenericsggplot2gluegtablehmshtmltoolshttpuvisobanditeratorsjpegjquerylibjsonlitelabelinglaterlatticelifecyclemagrittrMASSMatrixmemoisemgcvmimemunsellnlmeOpenImageRpillarpkgconfigpngprettyunitsprogresspromisespurrrR6randomForestrappdirsrasterRColorBrewerRcppRcppArmadillorlangrstudioapisassscalesschemrshinysourcetoolsspstringistringrterratibbletidyselecttiffutf8vctrsviridisLitewithrxtable

Exemplo: Como editar imagens

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromEdicao_de_imagens.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2024-05-10
Started: 2021-09-06

Exemplo: Comprimento da plântula

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromComprimento_Plantula.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2022-01-23
Started: 2021-09-06

Exemplo: Contagem de bovinos

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromContagem_de_bovinos.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2022-01-23
Started: 2021-09-06

Exemplo: Contagem de objetos

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromContagem_de_objetos.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2024-05-10
Started: 2021-09-06

Exemplo: Estimação da área foliar

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromEstimacao_Area_Foliar.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2024-05-10
Started: 2021-09-06

Exemplo: Estimação de área foliar doente

Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)

Rendered fromEstimar_doenca_Amendoim.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 06 2024.

Last update: 2022-01-23
Started: 2021-09-06

Readme and manuals

Help Manual

Help pageTopics
ExpImage: Experimental Image Analysis ToolsExpImage-package ExpImage
Transform matrix into image (Transformar matriz em imagem).as_image
Function to create a color palette for image color calibration (Funcao para criar uma paleta de cores para calibracao das cores de imagens).calibration_palette
Filter values in an array or image (Filtrar valores em uma matriz ou imagem).classify_image
Image segmentation by clustering using the Kmeans method (Segmentacao de imagens pela clusterização pelo metodo Kmeans).clustering_Kmeans
Creates a color palette from an image (Criar uma paleta de cores a partir de uma imagem).color_pallete
Function to compare image sizes (Funcao para comparar os tamanhos das imagens).compare_image
Contorno da imagem segmentada (Outline of the segmented image.)contour_image
Convert colors (Converter cores).convert_color
Create a png image with a transparent background (Criar uma imagem png com o fundo transparente)create_png
Esta funcao corta a imagem retirando as laterais nao desejadas. (This function removes unwanted sides from the images.)crop_image
Funcao para acrescentar bordas nos objetos.dilate_image
This function changes the brightness, contrast and makes the gamma adjustment in the image (Esta funcao permite mudar o brilho, contraste e fazer um ajuste gamma na imagem).edit_image
This function changes the brightness, contrast and makes the gamma adjustment in the image (Esta funcao permite mudar o brilho, contraste e fazer um ajuste gamma na imagem).edit_imageGUI
Funcao para eliminar as bordas dos objetos.erode_image
Images used as an example (Banco de imagens utilizadas como exemplo).example_image
Exlude objects in an image by encircling them or using a mask (Excluir objetos em uma imagem circundado-os ou usando uma mascara).exclude_object
Function to exclude pixels from the background or foreground in an image (Funcao para excluir em uma imagem os pixels correspondente ao background ou foreground)extract_pixels
Obter o diretorio onde esta o script. (Get the script directory.)getwd_script
Function to get a grayscale image from a color image (Funcao para a obtencao de uma imagem em escala de cinza a partir de uma imagem colorida)gray_scale
Create a histogram from image bands (Criar um histrograma a partir das bandas das imagens)histogram_image
Estimation of vegetation indices (Estimacao de indices de vegetacao).index_bands
Image information (Informacoes sobre as imagens).info_image
Function to compare image sizes (Funcao para comparar os tamanhos das imagens).join_bands
Join images(Juntar imagens)join_image
Image linearization (Linearizacao da imagem).linearize_image
Creates a mask over the background or foreground (Cria uma mascara sobre o background ou foreground)mask_pixels
Creates a mask over the background or foreground in a raster image (Cria uma mascara sobre o background ou foreground em uma imagem no formato raster)mask_raster
Function to obtain measurements associated with objects in binary images (Funcao para obter medidas associadas aos objetos em imagens binarias).measure_image
Create a histogram from image bands (Criar um histrograma a partir das bandas das imagens)normalize_image
Normatiza a matriz para que os valores variem entre valores pre-estabelecidos.Normatiza
Segmentation with the shape of a circle by clicking on the image (Segmentacao com o formato de um circulo clicando em na imagem)pick_circle
Selecionar os valores de RGB em pixels (Selecting RGB values in pixels).pick_color
Count objects (Contar objetos).pick_count
Measure objects in the image on click (Medir objetos na imagem ao clicar).pick_length
Obter uma paleta de cores com cliques (Get a color palette with clicks ).pick_palette
Get the dpi resolution on an image (Obter a resolução em dpi em uma imagem).pick_resolution
Segmenting objects manually (Segmentação de objetos manualmente)pick_segmentation
Esta funcao plota imagens. (This function plot the images.)plot_image
Function to plot multiple indices (funcao para plotar varios indices)plot_indexes
Funcao para sobrepor informacoes sobre os objetos da imagemplot_meansures
Segmentacao a partir de modelo logit (Segmentation from the logit model)predict_logit
Pixel classification by Random Forest methodology (Classificacao de pixels pela metodologia Random Forest)predict_RF
Convert a image in raster format to ExpImage format (Converte uma imagem no formato raster para o formato ExpImage)raster2image
Function to import an image (Funcao para importa uma imagem).read_image
Function to change image size (Funcao para mudar o tamanho da imagem)resize_image
Esta funcao rotaciona a imagem. (This function rotates the image .)rotate_image
Image segmentation function (Funcao para a segmentacao de imagens).segmentation
Funcao para a segmentacao de imagens.segmentation_logit
Funcao para a segmentacao de imagens.segmentation_logitGUI
Image segmentation by Random Forest (Segmentacao de imagens por Random Forest).segmentation_RF
Image segmentation function (Funcao para a segmentacao de imagens).segmentation_steps
Definir o diretório do script working directory (Set the script Directory as working directory).setwd_script
Excluir as bordas do objetos/parcelas do shapefileshape_file.BorderExtract
Funcao para criar as coordenadas dos objetos/parcelas na imagemshape_file.create
Plotar os objetos/parcelas do shapefile na imagemshape_file.plot
Divide a imagem em objetos/parcelas de acordo com o shapefileshape_file.split
Function for skeletonization in images (Esta funcao faz a skeletonizacao em imagens).skeletonize_image
This function splits the image into several others (Esta funcao divide a imagem em varias outras de acordo com os objetos que contem)split_image
Transform the square image (Transforme a imagem quadrada).square_image
Summarize the colors present in the segmented area of an image (Sumarizar as cores presentes na area segmentada de uma imagem).summary_color
This function makes the thinning images(Esta funcao faz o thinning em imagens).thinning_image
Image information in tif format (Informacoes das imagens no formato tif).tif_info
Function to save an image (Funcao para salvar uma imagem).write_image